水母亜門(くらげあもん、Medusozoa)は刺胞動物の亜門の1つである。十文字クラゲ綱、箱虫綱、鉢虫綱、ヒドロ虫綱を含む。
以下に系統樹の1例を示す。
八放サンゴ亜綱
六放サンゴ亜綱
ハナギンチャク亜綱
ポリポジオゾア綱
ミクソゾア綱
ヒドロ虫綱
十文字クラゲ綱
箱虫綱
鉢虫綱