タンパク質ドメイン進化的分類データベース
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タンパク質ドメイン進化的分類データベース
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| 内容 | |
|---|---|
| キャプチャデータ | タンパク質ドメイン |
| コンタクト | |
| 研究拠点 | Grishin Lab, テキサス大学サウスウェスタンメディカルセンター |
| 作者 | H. Cheng, R. D. Schaeffer, Y. Liao, L. N. Kinch, J. Pei, S. Shi, B. H. Kim, N. V. Grishin. |
| 主要引用 | PMID 25474468 |
| 公開日 | 2014 |
| アクセス | |
| ウェブサイト | http://prodata.swmed.edu/ecod/ |
| ツール | |
| その他 | |
| バージョン | 継続的に更新 |
| キュレーション ポリシー |
新規タンパク質は手動。照合したもののために自動化。 |
タンパク質ドメイン進化的分類（タンパクしつドメインしんかてきぶんるい、英: Evolutionary Classification of Protein Domains、ECOD）は、蛋白質構造データバンク（PDB）から入手可能なタンパク質ドメインを分類した生物学的データベースである。ECODは、タンパク質間の進化的関係を決定しようとするものである。
ECODは、Pfam、CATH、SCOPと同様に、タンパク質全体ではなくドメインを収集する。ただし、ECODは進化的関係に重点を置いている。ECODでは、単純に収斂進化を示す可能性のあるフォールドによってタンパク質を分類するのではなく、実証可能な相同性のみによってタンパク質を分類している。