パラトープが見られる部分を点線の円(左上)で囲った抗体の図。1. フラグメント抗原結合（Fab） 2. 抗体結晶化可能領域（Fc） 3. 重鎖 4. 軽鎖 5. 抗体の可変領域。パラトープは、抗原と直接接触する鍵状の部分。 6. ヒンジ領域
パラトープ（英: paratope）は、抗原結合部位（こうげんけつごうぶい、英: antigen-binding site）とも呼ばれ、抗体が抗原を認識して結合する部分である。これは、抗体の抗原結合フラグメントの先端にある小さな領域で、抗体の重鎖と軽鎖の一部が含まれている。各パラトープは、6つの相補性決定領域（軽鎖と重鎖からそれぞれ3つずつ）から構成されており、反平行βシートの折りたたみから伸びている。Y字型の抗体の各アームの先端には、同一のパラトープがある。
パラトープは、抗原のエピトープに結合して接触するB細胞受容体の部分を構成する。1つのB細胞上のすべてのB細胞受容体は、同一のパラトープを持っている。パラトープはその特有性により、1つのエピトープにのみ高親和性で結合することができ、その結果、各B細胞は1つのエピトープにしか応答できない。B細胞受容体のパラトープがその特異的なエピトープに結合することは、適応免疫応答の重要なステップである。
種間のパラトープの設計
パラトープのデザインや構造は、種によって大きく異なる。顎口上綱（顎のある脊椎動物）では、V(D)J遺伝子再構成により、数十億もの異なるパラトープが発生する可能性がある。ただし、パラトープの量は、V、D、J各遺伝子の構成と抗体の構造によって制限を受ける。そのため、多くの異なる種がこの制限を回避する方法を開発し、可能なパラトープの多様性を高めてきた。
牛では、非常に長い相補性決定領域がパラトープの多様化に不可欠な役割を果たしていると考えられている。さらに、ニワトリもウサギの両方が、可能なパラトープの数を増やすために遺伝子変換を行っている。